01 / 找到對應
拖動金色空白，看看哪些字母重新對上。
九個理解時刻
換序列，驗證你的直覺
探索器：每條 1–12 個 A、C、G、T。較長序列、RNA、蛋白質與 FASTA 可用完整工具。
Global 的 F(i,j)，是序列 A 前 i 個字母與序列 B 前 j 個字母的最佳比對分數。最後一欄來自左上、上方或左方：把那裡的最佳前綴加上新的一欄，再選最大值。
F(i,j) = max(F(i−1,j−1)+s, F(i−1,j)−2, F(i,j−1)−2)
Local 邊界是 0，每格也多一個 0 候選；从最高分回溯到 0，是 Smith–Waterman。Global 的邊界逐步扣 gap 分，從右下角回到原點，是 Needleman–Wunsch。
相同率不是通用的同源判決線。長度、涵蓋率、背景、統計顯著性與其他證據都重要。一段局部相似不自動是一個 domain；完整結構難取得時，domain 結構仍能回答研究問題。
DNA 示範採相同 +1、不同 −1、linear gap −2。蛋白使用替換矩陣，BLOSUM62 的 D/D=6、D/E=2、D/W=−4。完整工具支援 affine gap。
BLAST 與 FASTA 搜尋使用啟發式，可能漏掉最佳命中；FASTA 亦指檔案格式。DP 在指定模型下精確求解，時間 O(nm)，本探索器保存完整矩陣，空間 O(nm)。
NP 是能在多項式時間驗證答案的一類決定問題，不等於指數時間；AI 與量子計算不代表已普遍解決 NP-complete。
參考你指定的 NCTU／NYCU W3 課堂投影片，不重新發布原始教材。格子、候選、排法與分數由演算法運算。
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