兩個薄荷色與琥珀色的蛋白質緞帶概念雕塑,局部呈現相似輪廓。這是藝術意象,非真實結構。

AN INTERACTIVE FIELD GUIDE 01 — ALIGNMENT

兩條序列,
一段待發現
的關係。

生命用不同的字母,留下相似的線索。
從一格空白開始,親手找出它們的連結。

開始探索 輸入我的序列 ↗7 幕互動 · 依自己的步調
不需要先會寫程式
蛋白質概念藝術 · 非實測結構
先動手,再讓公式變得有意義。

YOUR EXPLORATION

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FOLLOW THE EVIDENCE

每一個說法,都有來處。

課程主線參考 W3 序列比對與 BLOSUM62 投影片。互動例子為教學用短序列;它們不能提供實際同源或功能判定。

  1. EMBL-EBI · 全域、局部與動態規劃 ↗最佳分數的意義取決於比對目標與評分模型。
  2. NCBI · 序列相似分數的統計意義 ↗相同率不是通用的同源門檻;長度、背景與顯著性都重要。
  3. EMBL-EBI · BLAST、FASTA 與搜尋工具 ↗BLAST 與 FASTA 搜尋使用啟發式;FASTA 格式和搜尋演算法是不同概念。
  4. EMBL-EBI · Domain 與 motif ↗重複的短樣式不自動等於一個 domain。
  5. RCSB PDB · EGFR kinase domain,1M17 ↗局部結構也能回答研究問題;這是實驗測得的 kinase domain 結構。
  6. Henikoff & Henikoff · BLOSUM 原始論文 ↗從保守區塊觀察到的替換,建立 log-odds 分數。
  7. Clay Mathematics Institute · P 與 NP ↗NP 指可在多項式時間驗證答案的一類決定問題,不等於指數時間。
  8. Scott Aaronson · NP-complete 與物理計算 ↗AI 與量子計算都不代表已普遍解決 NP-complete。

本頁不公開課堂原始投影片。首圖為 AI 生成的概念藝術;所有矩陣數值與比對路徑均由確定性演算法計算。